Tư tưởng Tam giáo đồng nguyên kế tục từ thời Lý tiếp tục tồn tại tới thời Trần. Nhà Trần cũng thực hiện chế độ khoa cử bằng các khoa thi Tam giáo, đòi hỏi người thi phải thông hiểu cả ba tôn giáo Phật, Nho và Đạo. Người đỗ Tam giáo gọi là Tam giáo xuất thân. Tuy nhiên từ sau năm 1247, chế độ khoa cử Tam giáo không còn được áp dụng nữa[13].